Музей занимает двухэтажное кирпичное здание постройки 1892 г., являющееся памятником градостроительства и архитектуры «Купеческая усадьба Лагунова», в котором размещаются постоянно действующие выставки и выставочный зал с временными привозными выставками. Фонды музея насчитывают 26296 единиц хранения, из них основной фонд составляет более 20 тысяч единиц хранения.
Наиболее интересные коллекции: роспись по дереву, иконопись, нумизматика, документы и фотографии, ткачество и лоскутное шитье, сюжетное плетение из бересты (композиции на сказочные темы), шаркунки. Большой интерес для исследования представляют коллекции прялок, старопечатных книг, документов и фотографий. В музее постоянно работают выставки, посвященные истории и культуре Шенкурского уезда. Шенкурский районный краеведческий музей сегодня ведет активную научно-собирательскую и просветительскую работу.
При музее работает мастерская по ткачеству и сувенирная лавка «Шенкурье мастеровое».