Музей основан в 1982 г. по инициативе трудящихся города. За время своей деятельности музей сложился как уникальный организм и занял достойное место в культурной жизни города. В сентябре 1999 г. музей получил постоянную прописку в здании бывшего Госбанка, где в годы Великой Отечественной войны 1941-1945 гг. располагался Харьковский эвакогоспиталь.
Музей имеет 17172 единиц хранения уникальных по своему роду предметов, связанных с историей края, этнографией, археологией... В основном фонде музея сегодня имеется 14383 предметов. Наиболее ценные музейные коллекции Алейска представлены живописными работами художников края, нумизматикой (1402 ед.хр.), экспонатами этнографического направления, уникальной коллекцией камней и минералов.