История этого музея начинается в конце XIX века, а первая коллекция была передана музею по завещанию ученого-археолога А.Ф. Лихачева.
В настоящее время собрание Музея изобразительных искусств насчитывает более 25 тысяч экспонатов. В собрание входит живопись, графика, скульптура, театрально-декорационное и декоративно-прикладное искусство традиционных западно-европейских средних учебных заведений XVI-XIX веков, российское искусство XVI-XX веков, русское и монгольское изобразительное и декоративно-прикладное искусство, а также оригинальная коллекция икон из храмов Свияжска. В собрание музея попали произведения из национализированных после революции усадеб и особняков, закрытых и разоренных церквей и монастырей, полученные из Государственного музейного фонда и хранилищ столичных музеев, поступившие из Казанского университета, подаренные частными владельцами и закупленные у коллекционеров.
Часть собрания представлена в экспозициях музея, знакомство с фондовым материалом поддерживается с помощью временных выставок. Сейчас в собрание Музея изобразительных искусств входят более двадцати пяти тысяч экспонатов.