Музей включает Бутлеровскую аудиторию, библиотеку, лабораторию и кабинет заведующего, где экспонируются химические препараты и лабораторное оборудования ХIХ – ХХ вв. В экспозиции музея можно увидеть личные вещи известных ученых химиков, оригинальное химическое оборудование и посуду ХIХ в., а также коллекцию новых препаратов, впервые полученных деятелями Казанской химической школы.