Музей в Новороссийске основан 7 июля 1916 г., по инициативе Л.А.Сенько-Поповского — вице-губернатора Черноморской губернии, как Музей природы и истории Черноморского побережья Кавказа. Торжественное открытие экспозиции состоялось 27 декабря 1916 г. Главным источником средств на содержание и развитие музея были добровольные пожертвования лиц, сочувствующих процветанию музея.
В настоящее время Новороссийский исторический музей-заповедник — второй по величине музей Кубани, центр патриотического, эстетического и нравственного воспитания подрастающего поколения.
Ежегодно музей и его объекты посещает свыше 200 тыс. человек, проводится 3.5 тыс. экскурсий, организуется до 40 выставок, научные сотрудники дают около 2 тыс. консультаций, справок, представляют для съемок и публикаций уникальные музейные предметы и экспозиции по истории Новороссийска и Кубани.