Ейский историко-краеведческий музей, один из старейших музеев Краснодарского края, основан 5 мая 1920 года на базе музея наглядных пособий, созданного педагогами города в 1910 году. В феврале 2000 года музею присвоено имя выдающегося ейского краеведа Владимира Васильевича Самсонова, руководившего музеем с 1929 по 1962 год.
В период оккупации города немецко-фашистскими захватчиками (август 1942 — февраль 1943 года) все коллекции музея были полностью утрачены. Сейчас фонды музея насчитывают более 58 тысяч экспонатов. Среди них: материалы археологических и этнографических экспедиций, документы, фотографии, награды ейчан, уникальные материалы по истории города и Северо-Западного региона Кубани. Музеем собраны интересные материалы о земляках-ейчанах: «Чемпионе чемпионов», выдающемся борце И.М. Поддубном, всемирно известном художнике-графике Д.И. Митрохине, актере и режиссере С.Ф. Бондарчуке, актрисе Н.В. Мордюковой и многих других.
На базе коллекций музея в 1971 году был открыт мемориальный музей выдающегося борца, шестикратного чемпиона мира, Заслуженного мастера спорта СССР, Заслуженного артиста РСФСР Ивана Максимовича Поддубного.
В 1980-е годы в музей из Чехословакии поступила коллекция ейчанина И.А. Арзамасцева, посвятившего свою жизнь собиранию произведений живописи и графики и завещавшего свою коллекцию родному городу. 1 января 2008 года открыт художественный музей, являющийся филиалом музея на правах отдела.
В 1995 году на Ейской косе был открыт мемориальный комплекс «Защитникам Ейска», экспозиция которого рассказывает об обороне и освобождении города в годы Великой Отечественной войны.
Экспозиция головного музея, созданная в 1986-1988 годах коллективом Ростовского художественно-производственного комбината Художественного фонда в стиле пост-модерн, рассказывает о природе и истории Северо-Восточного Приазовья и города Ейска.
Музеем ежегодно проводится более 30 стационарных и передвижных выставок как из собственных фондов музея, так из фондов музеев других городов России и частных коллекционеров из Москвы, Санкт-Петербурга, Краснодара, Ростова-на-Дону, Воронежа, Златоуста, Сочи
