Курганский авиационный музей основан в 1985 г. в качестве ведомственного музея Курганского объединенного авиаотряда гражданской авиации СССР. Первоначальное наименование — музей аэропорта Курган.
С 1993 г., по завершении первого этапа комплектования экспозиции авиационной техники, включающей как гражданские, так и военные летательные аппараты, музей именуется Курганским авиационным музеем.