«Театра Луны» начался в 1992 году спектаклем-концертом «Уникальный голос» студии фантастики «Луна», основанной Сергеем Прохановым. В 1994 году студия получила государственный статус и была преобразована в Московский государственный «Театр Луны» под руководством Сергея Проханова.
В 2004 году театр переехал в современное, прекрасно оборудованное театральное здание на Малой Ордынке.