Штефан Кордес изучал органную и духовную музыку в Гамбурге, Штутгарте и Вене. Среди его учителей выдающиеся музыканты: Бернард Хаас, Юн Лауквик, Мейер-Янсон и Микаэл Радулеску (орган), Леопольд Хагер, Фолькер Вангенхайм (дирижирование), Антонио де Альмейда, Вернер (фортепиано), а также Юн Лауквик и И. Церер (клавесин).
Штефан Кордес – обладатель стипендии Studienstiftung des deutschen Volkes и наград различных органных международных конкурсов (Дания, Словения).
Работал органистом в Хайденхайме и Вуппертале. С 2001 года был кантором и органистом в церкви Святого Якоба в Гёттингене, где управлял и дирижировал церковным хором. В эти же годы Кордес был художественным руководителем Международного фестиваля «Органные дни в церкви Святого Якоба» и организатором серии концертов «30 минут органной музыки по пятницам (прошли более 1800 раз).
Как органист выступал в Австрии, Хорватии, Дании, Франции (Сент-Этьен-дю-Мон, Сен-Сюльпис), Великобритании, Латвии (Кафедральный собор Риги), Нидерландах, Польше, Португалии, Словении, Южной Африке и Чехии. В России давал концерты в Архангельске, Ярославле, Кирове и Санкт-Петербурге. Принимал участие в различных фестивалях Германии (Frauenkirche и Kreuzkirche в Дрездене). Когда был закончено Новое полное собрание сочинений Баха, New Bach Society пригласило Кордеса для исполнения цикла «Искусство фуги» на церемонии, посвящённой этому событию.
