Музей редкой книги существует с 1967 г. как отдел редких книг и рукописей ГПНТБ. Имеет около 40 тыс. единиц хранения. Уникальное собрание памятников древнерусской литературы, старопечатных книг и средневековых документов известного историка академика М.Н. Тихомирова, переданная в Новосибирский научный центр по завещанию ученого.
В музее хранится самая древняя в мире датированная славянская рукопись на бумаге — «Слова Григория Богослова» 1362 года.