История музея берет свое начало еще в конце XIX столетия. Тогда, 8 июня 1878 года, министр внутренних дел генерал-адъютант А. Е. Тимашев утвердил «Положение о Западно-Сибирском отделе Императорского Русского Географического общества», согласно которому при отделе учреждался музей, первый в Омском Прииртышье.
У истоков его создания стояли выдающиеся ученые, путешественники, исследователи Сибири и Азии: И. Ф. Бабков, Г. Е. Катанаев, М. В. Певцов, И. Я. Словцов, Н. М. Ядринцев. Особую роль в создании отдела, а затем и музея сыграл генерал-губернатор Западной Сибири Н. Г. Казнаков, оказавший значительную поддержку на первых порах его существования.
На каждом этапе своего развития музей привносит новые элементы в инфраструктуру историко-культурного пространства. Благодаря его деятельности в регионе сформирован многочисленный и разнохарактерный музейный фонд, известный далеко за его пределами; сложилась сеть музейных и других учреждений, обеспечивающих сохранение культурного наследия; создан мощный научный и культурный кадровый потенциал, готовый решать поставленные перед ним задачи на самом высоком уровне. Все это позволяет с уверенностью смотреть в будущее, что особенно важно в преддверии приближающегося 300-летнего юбилея Омска.