В здании Кунсткамеры в XVIII–XIX вв. располагалась основанная Петром Великим в 1724 г. Санкт-Петербургская академия наук, одним из первых академиков которой был русский ученый-энциклопедист Михаил Васильевич Ломоносов. Часть экспозиции музея в башне Кунсткамеры рассказывает о раннем этапе истории Российской академии наук.
Собрание включает такие ценные коллекции, как немногие уцелевшие личные вещи М. В. Ломоносова, мозаичные портреты, изготовленные в его мастерской, уникальные научные приборы и инструменты XIV–XIX вв., книги, среди которых немало библиографических редкостей. Представляют интерес произведения живописи, графики и скульптуры, предметы декоративно-прикладного искусства, мебель.
На экспозиции воссоздана атмосфера научного учреждения XVIII в. Здесь работали приглашенные Петром I в Санкт-Петербургскую академию наук такие всемирно знаменитые ученые, как Н. и Д. Бернулли, Ж. Делиль, Г. Ф. Миллер, Л. Эйлер и др. Первым из россиян академиком стал выдающийся ученый М. В. Ломоносов: он был избран ее членом в возрасте 34 лет.
Массивный круглый стол заседаний символизирует масштабность идей и проектов, обсуждавшихся первыми академиками России. Слова Петра Великого "Надлежит стараться находить славу государству через искусство и науки" можно рассматривать как эпиграф к этой и ряду других экспозиций Музея.