Музей истории Санкт-Петербургского университета является старейшим и крупнейшим музеем подобного профиля в России, он был организован приказом ректора в 1945 году на основе юбилейных выставок по истории университета, проходивших в 1939 и 1944 годах. С 1980 года музей расположился на 3-ем этаже (по центральной лестнице) Главного здания университета — замечательного памятника архитектуры XVIII века — здания Двенадцати коллегий.
Общая площадь музея со служебными помещениями и выставочной галереей — 780 кв. м. Экспозиция по истории университета занимает 4 зала площадью 410 кв. м. C 1997 г. музей по новому положению, утвержденному ректором СПбГУ выделен в качестве самостоятельного структурного подразделения университета со своим штатом сотрудников и состоит из научно-экспозиционного отдела, сектора учета и выставочного отдела.