Комплекс включает в себя пять причалов, место для пограничного и таможенного досмотра, ресторан, гостиницу и конференц-комплекс.
Здание вокзала было построено в 1973-1983 годах по проекту архитекторов В.А.Сохина и Л.В.Калягина. Стены вокзала облицованы объемными панелями, имеющими форму парусов, на 78-метровом титановом шпиле изображен корабль. Изначально здание строилось для Балтийского морского пароходства и одновременно служило как вокзалом для прибывающих морем гостей, так и межрейсовой базой для моряков пароходства. На Морской вокзал прибывали суда Финляндии и Швеции.

С реорганизацией Балтийского морского пароходства здание перешло в собственность города. В 1997 году было образовано ЗАО «Морской вок-зал», в которое входят фирмы «Балтийские транспортные системы» (грузовые и грузопассажирские перевозки) и «Балтик-Лайн» (пасса-жирские перевозки и туристические услуги).

Также на месте межрейсовой базы была размещена гостиница «Морская» (позже — гостиница «Морской Вокзал», а сейчас — гостиница «Поло Регата Отель»).
Здание имеет 7 этажей. На 7-м этаже размещена гостиница Polo Regatta Hotel, 5-й и 6-й этажи занимает бизнес-центр, 4-й этаж — технический, 3-й - зона бытового обслуживания, 2-й занимают сотрудники вокзала, 1-й — таможенная и пограничная службы.

На начало 2016 года, Морской вокзал являлся местом паромов «Princess Maria» (Санкт-Петербург – Хельсинки) и «Princess Anastasia» (Санкт-Петербург-Хельсинки–Стокгольм–Таллин-Санкт-Петербург) компании St. Peter Line.

В 2003-2010 годах с Морского вокзала регулярно отправлялся паром «Георг Отс» в Калининград. В 2010 году паромная переправа до Калининграда была закрыта, а паром «Георг Отс» был переведен для работы во Владивосток.

Суммарная длина причалов составляет 720 м., глубина у причалов — до 9 м. Вследствие этого Морской вокзал способен принимать практически любые суда, включая крупнотоннажные. Также на двух причалах из пяти установлен пандус для паромных судов. По своим техническим возможностям комплекс «Морской вокзал» способен принять до 1 млн. пассажиров, прибывающих морем. Но из-за особенностей построенного в конце ХІХ века морского канала, ведущего в порт, суда длиной более 200 м не могут подойти к причалам Морского вокзала.
Круизные и паромные суда принимаются на причалах нового Морского пассажирского порта.