В 1909 году немецкая фирма E.F. Walcker (Германия) установила в Мальтийской капелле Петербурга новый орган взамен старого, принадлежавшего еще императрице Елизавете Петровне. Новый орган находился под сводами капеллы до 1928 года, а затем его перенесли в Театр оперы и балета имени Мусоргского (бывший Малый театр оперы и балета). Но смонтировать уникальный инструмент не смогли.

В нерабочем состоянии орган простоял вплоть до 2004 года, когда его демонтировали и передали на реставрацию в Эстонию, в органостроительную фирму мастера Хардо Крийза. Окончательно восстановить инструмент помогла Республика Мальта.

Официальное торжественное открытие органа прошло 20 января 2006 года исполнением концертной программы органистами Юрием Семеновым, Ниной Оксенян, Йаанус Торрим, при участии Николая Островского(тенор) и Аннины Фёлльми (виолончель).

Восстановленный орган уникален тем, что у него практически без изменений сохранилась первоначальная структура, в частности, редкие детали, отсутствующие в других органах Петербурга. Этот инструмент обладает необыкновенным звучанием, которое характерно только для старинных органов, что подчеркнул экс-президент Республики Мальта Гвидо де Марко.

Современная концепция использования Мальтийской капеллы и прилегающих помещений Воронцовского дворца предполагает создание Музея истории кадетских корпусов и концертного зала, в котором уже сегодня регулярно звучит органная музыка.