Фонды музея насчитывают более 35 тыс. единиц хранения, среди которых предметы палеонтологии, археологии, этнографии, искусства, вооружения и др. Музейные экспозиции и выставки широко известны за пределами Ростовской области. Они имеют разноплановый тематический характер и рассказывают о малоизвестных страницах истории Донского края. В состав музея входят три комплекса:
Почтовая станция — архитектурный комплекс, воссоздающий внешний вид типичной почтовой станции XIX в. На его территории действует постоянная экспозиция «Домик почтового смотрителя» (в бывшем доме подполковника А.П. Лотошникова), знакомящая посетителей с историей почтовой службы на Дону и домашним бытом донских казаков XIX в., а также сменные выставки. С 1984 г. ежегодно, в первую субботу июня, на «Почтовой станции» проходит литературно-музыкальный Пушкинский праздник в память о посещении А.С. Пушкиным станицы Аксайской в 1820 и 1829 гг.
Таможенная застава, расположенная на территории бывшей донской дворянской усадьбы. В комплекс входят две постоянные экспозиции: Таможенная служба на Дону в XVIII в., представленная в помещениях каменного погреба и примыкающего к нему восстановленного здания, и «Музей природы» под открытым небом, занимающий живописный уголок памятника природы «Мухина балка», где сохранилась нетронутая степная растительность, многие виды которой занесены в Красную книгу России как редкие и исчезающие. Здесь существует благоустроенная зона отдыха, в которой посетители могут насладиться журчанием ручья Малый Лог и пением птиц. С 2003 г. на «Таможенной заставе» ежегодно проводится фестиваль авторской (бардовской) песни — «Наполним музыкой сердца».
Военно-исторический комплекс, где действует единственная в Ростовской области выставка военной техники — танков, бронетранспортеров, артиллерийских орудий, самолетов, ракет и т.п. Здесь же расположен бывший Запасной командный пункт Северо-Кавказского военного округа — подземный двухъярусный бункер с разветвленной системой коридоров, множеством комнат и обширных залов.
Музей ведет активную научно-просветительную работу, в т.ч. и социальной направленности. Проводятся театрализованные праздники русского народного календаря, игры и конкурсы для детей, чаепития и другие массовые мероприятия.
