В 40-е —60-е годы ХХ века в казематах бывшей 35—й ББ размещалась береговая батарея № 723. В 1963 году, после того, как военные оставили эту территорию, Исполком Севастопольского городского совета принял решение, в соответствии с которым территория 35—й береговой батареи была взята под охрану государством. Однако конкретные меры по сохранности исторического объекта приняты не были. Батарея разрушалась, в ее казематах и на прилегающей территории скапливался строительный и бытовой мусор.
В 1988 году в правом командном пункте 35—й ББ и его потерне была оборудована сейсмологическая лаборатория Симферопольского государственного университета им. М.В. Фрунзе.
На рубеже 80—х—90—х гг. возрос интерес к ранее «закрытым» страницам обороны Севастополя. Территорию батареи исследовали поисковые отряды, историки. Здесь проводились встречи ветеранов, приуроченные к 3 июля—дате официального окончания обороны Севастополя 1941— 1942 гг.
Создание музейного комплекса такого масштаба (площадь мемориала— около 8 га, подземные сооружения— около 5 000 кв.м.)—событие беспрецедентное не только для Севастополя, но и для всего постсоветского пространства. Это пример бережного отношения к нашей общей истории, к памяти тех, кто победил фашизм в Великой Отечественной войне 1941–1945 гг.