Музей был создан в мае 1957 года. Инициаторами были ветераны гражданской и Великой Отечественной войны.
В 1950 году при городском военном комиссариате была создана инициативная группа, поставившая перед собой благородную цель: создать в городе историко-краеведческий музей. В эту группу вошли участники гражданской и Великой Отечественной войн. Активное участие в этой работе приняли «красные следопыты» — учащиеся школ города.
В результате усиленной работы музей удалось открыть уже к 1-му мая 1957 г. в здании пункта допризывной молодежи по ул. Энгельса 162, так называемый «Зал боевой славы». Было собрано более 500 экспонатов. Второе рождение музея состоялось к 7-му ноября 1965 г., когда музей переехал в здание по улице Гагарина 105, рядом с горвоенкоматом.
В 1968 г. краевым управлением культуры городскому музею было присвоено звание «Народный музей».
Третье рождение музея состоялось в 1978 г., когда он был переведен на улицу Северную 6 и стал бюджетной организацией — филиалом Ставропольского государственного объединенного краеведческого музея имени Г. Н. Прозрителева и Г. К. Праве.
Четвертое рождение музея состоялось 7 марта 1995 г., когда он стал самостоятельной штатной единицей при городском комитете по культуре и стал именоваться «Городской историко-краеведческий музей». С улицы Северной 6 музей переехал в отдельное здание, бывшее Городским домом торжеств на ул. Гагарина 43-б, где и находится по настоящее время.
В музее на 1 января 2004 года насчитывалось почти 10, 5 тыс. экспонатов, из них основного фонда 7821 ед., а научно-вспомогательного 2632 ед.
В музее действуют три выставочных зала: в одном из них — экспозиционном — представлена история города Невинномысска, а в других — выставочных — каждые полтора-два месяца меняются различные по жанрам выставки.
В музее постоянно проводится экскурсионная работа для учащихся школ города, студентов и для групп различных предприятий города.
Кроме того, научные сотрудники музея проводят лекционную работу с выходом в школы города. Для учащихся и предприятий города постоянно предоставляются методические материалы, имеющиеся в музее. Также в музее совместно с различными детскими учреждениями города проводятся викторины, конкурсы, открытые уроки на различные темы.
В городском музее постоянно проводится поисковая работа по сбору исторических материалов о предприятиях города, об интересных и выдающихся жителях-невинномыссцах (учителя, спортсмены, ветераны различных войн и т.д.). Фонды музея постоянно пополняются новыми экспонатами. В музее собраны уникальные коллекции: древних археологических экспонатов, минералов, одежды различных времен и т.д. Есть свой библиотечный фонд, а также имеются более 300 мемориальных дел, в которых собраны документы и предметы принадлежащие различным выдающимся жителям города.
Цель музея — сохранение истории и об этом хорошо сказал Мигель Сервантес: «История — сокровищница наших деяний, свидетель прошлого, пример и поучение для настоящего, предостережение для будущего».
