Основан 23 мая 1957 г. как музыкально-драматический театр. Открылся 26 сентября 1958 на сцене ДК им. Н. Островского опереттой «Поцелуй Чаниты» Ю. Милютина. В октябре 1968 переименован в Томский театр музыкальной комедии.
В июне 1979 переехал в новое здание. С августа 1993 именовался Томский музыкальный театр, с января 1994 — современное название. Солисты театра неоднократно становились лауреатами областного театрального конкурса «Маска».