«Музей истории Томска» – один из самых молодых музеев города. Инициатива по его созданию принадлежит группе томских историков и работников музеев. Официально учреждение было зарегистрировано 30 июля 1997 года. Первым руководителем музея стал сотрудник Томского государственного университета историк Г.А. Шахтарин. Местом музейного устройства была выбрана оконечность южного мыса Воскресенской горы, где в 1604 г. (7 октября по новому стилю) русскими служилыми людьми под началом казацкого головы Г. И. Писемского и сына боярского В.Ф. Тыркова был отстроен первый русский город-крепость на Томи.
Музей истории Томска располагается на южном мысе Воскресенской горы, где в 1604 году была возведена Томская крепость и началась история города. Музейные коллекции составляют более 6 000 единиц. Некоторые уникальные экспонаты из археологической коллекции обнаружены во время раскопок на территории, прилегающей к музею. Среди них — печатные изразцы, на которых изображено уникальное фантастическое существо — Динотерий. Дивный зверь стал символом музея. Все эти экспонаты можно увидеть в залах музея.
Благодаря богатству и разнообразию музейных фондов стало возможным существование постоянных историко-краеведческих экспозиций «Русский острог и город на Томи XVII–XVIII вв.», «Томск купеческий и просвещенный XVIII–XX вв.», «План-панорама Томска первой четверти XX в.», создание ежегодных тематических выставок, посвященных памятным датам в истории страны и отдельным аспектам истории города.
Музей располагается в здании, построенном в 1859 г. специально для Полицейской управы, на крыше здания в XIX веке располагалась пожарная каланча. В настоящее время каланча воссоздана и является единственной в Томске оборудованной смотровой площадкой, откуда открывается прекрасный вид на город.