Начало фондам музея положила археологическая коллекция тобольских древностей С.К. Знаменского, которую 6 декабря 1882 г. передал в дар предприниматель М.К. Сидоров. Основной фонд: 300 тысяч единиц хранения. В музее хранятся собрания по археологии, этнографии, истории, нумизматике, бонистике, фалеристике, медалистике, разделам изобразительных искусств и документальных источников. В 2002 г. музей отметил 120-летие. Ныне это самый крупный вузовский музей азиатской части России.