Миссия Музея Города — декодирование, «распаковывание» городской философии, истории и мифологии. Именно с этого здания началась история Музея Арсеньева, история архивации знаний о городе и крае. Закладка здания Музея состоялась 30 июня 1888 г., а в строительстве и формировании коллекции участвовало множество горожан, сознающих его важность — ведь он стал первым на русском Дальнем Востоке. Музей имел краеведческую задачу: исследовал незнакомую среду, в которой рос новый город. Но сегодня Владивосток сам стал объектом изучения, поэтому внимание Музея обращено не только на краеведение, но и на исследование феномена городской метафизики.
Город — это всегда «мой» или «наш» город, а не город вообще, это результат нашего представления о нём и нашего к нему отношения. Город имеет свою «душу», «судьбу», «язык» и является, по сути, гипертекстом, состоящим из кодов, знаков и символов. И этот текст пишут, шифруют и дешифруют уже несколько поколений горожан — через городские мифы, историю, искусство, фольклор, «сшивая» полотно коллективной памяти об образе города и его трансформации. Поэтому Музей Города — это не только история, это «ключ», позволяющий расшифровать информацию о прошлом, настоящем и будущем Владивостока.