С 1907 по 1909 год на средства местных предпринимателей в городе строили новую кирпичную кирху взамен деревянной. Церковь с четырёхгранной башней-колокольней создали в стиле поздней североевропейской готики. Внутри это одно длинное помещение, рассчитанное на 400 прихожан.
С началом Первой мировой в российском обществе стали проявляться антинемецкие настроения. Прихожан и пастора Альберта Леста, который сменил на этом посту Румпетера, начали подозревать в шпионаже. В 1935-м руководство прихода во главе со следующим пастором Вольдемаром Рейхвальдом арестовали, а церковь закрыли. В следующем году здание передали военно-морским силам Красной армии. Здесь работал кинотеатр имени Максима Горького и клуб старшин Тихоокеанского флота. С 1950-го до 1997 года в бывшей кирхе работал Военно-исторический музей Тихоокеанского флота. У входа стояли пушки и танк Т-18, а внутри – вместо алтаря – бюст Ленина.
В мае 1992 года пастор из Гамбурга Манфред Брокманн воссоздал во Владивостоке евангелическо-лютеранскую общину. Спустя пять лет ей вернули здание церкви – началась реставрация. В 2006-м австралийская община подарила кирхе орган. Позже его передали лютеранской общине Арсеньева, а теперь здесь играют на другом инструменте, который привезли из Германии. В церкви Святого Павла регулярно дают концерты органной музыки.